Viện Nghiên cứu Dữ liệu lớn (VinBDI) có đội ngũ các nhà khoa học, chuyên gia công nghệ, nhà quản lý, hội đồng cố vấn, giáo sư thỉnh giảng, kỹ sư và bộ phận điều hành viện. Cơ cấu tổ chức của Viện gồm 2 bộ phận chính là bộ phận Nghiên cứu phát triển và Quỹ Đổi mới sáng tạo.